Tous les trois ans, le SFA tient son Congrès, où les délégués élus lors des assemblées générales statutaires des différentes sections régionales débattent de l'exercice passé et donnent quitus ou non à la direction sortante. Ils reflechissent ensemble des enjeux de la période en cours et élaborent et votent les orientations du syndicat pour les trois années à venir. Le SFA étant un syndicat national, ces orientations doivent déterminer les prises de position et les revendications de toutes les composantes du syndicat.